No game Prototype 2, Alex Mercer já destruiu Nova York, além de assassinar a família do Sargento James Heller e infectá-lo. Pois é, nem é preciso imaginar que o Sargento desenvolve os mesmo poderes de Mercer e sai em busca do ex-protagonista.
A cidade, porém, nunca será a mesma: Nova York está agora dividida em três partes: aquela que ainda existe civilização, a que está infectada, e a tomada pelos militares. Neste diário de desenvolvimento, a equipe do jogo conta os bastidores de como foi a criação destas parcelas e as diferenças na mecânica de cada uma.
Prototype 2 só sai em 2012, para os consoles PS3 e Xbox 360 e para PC.
